野蛮な方法ですが、動くPCからまるごとコピーして動くようにはできました。

正攻法で復旧したのとは違うので気持ち悪いこと以外困っていません。
現在、mongrelが動かない場合と動く場合のディレクトリを両方保存しています。

gemのバージョンを落とす方法とか、インデックス？を作り直す方法が
分かればちゃんと解決できそうな気もします。

Railsと関係ない話になってしまいすいませんでした。

ちなみに途中で降りてきた Rails 2.1.0 でも動作に問題なさそうで
こちらはちょっとほっとしています。
(2.1.0での変更点はまだ調べていません)

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ML: rails@r...
使い方: http://QuickML.com/